Le bureau d'études Altifaune est équipé de 4 véhicules tout-terrain permettant le déplacement du personnel, le transport de matériel et la réalisation de suivis mobiles de jour, comme de nuit (rapaces, chiroptères). 5 autres voitures et des canoës complètent les moyens de transport et de prospection ;
Altifaune est également équipé de matériel spécifique utilisé pour l'étude de l'avifaune (4 longues-vues HD, 5 jumelles HD), des chiroptères (6 MINIBAT, 70 SM4BAT, 1 BATMOD S+, boitiers solaires autonomes, 1 D240X avec 1 enregistreur numérique R05, 5 EMT 2 pro, 10 mâts télescopiques, lampes frontales à lumière rouge et spots longue-portée), de l'herpétofaune (nasses, romanes, plaques bitumées, feutrées et métalliques) et de l'entomofaune (filets, pièges, loupes et microscopes) ;
L'équipement de terrain est complété par du matériel photographique (2 boitiers numériques, 2 téléobjectifs, 1 macro et 5 bridges à longue focale), de localisation (GPS portable), de communication (5 talkies-walkies) et de saisie des données sur le terrain (12 smartphones et 4 tablettes tactiles) via une application spécialement développée pour le bureau d'études ALTIFAUNE permettant le téléversement des données au réseau SINP ;
L'équipement de bureau comprend le matériel informatique (15 PC, imprimante laser), les solutions bureautiques (logiciels Microsoft, Qgis, Sonochiro, Batsound et Syrinx) et l'ensemble des ouvrages nécessaires (guides d'identification, de détermination et de gestion des différentes composantes environnementales) et utilise une application mobile spécialement développée pour la saisie sur le terrain.